La bioinformatique correspond à l’utilisation de l’informatique pour les sciences de la vie. En effet les nouvelles technologies produisent une énorme quantité de données ( big data) : la bioinformatique transforme ces données brutes, ce big data, en données qui ont du sens, en informations utilisables : smart data.
L’exploitation de ces données, associées au développement incessant dans le domaine de l’informatique, sont à l’origine de grands bouleversements dans le domaine médical. C’est ainsi que la bioinformatique conduit à la médecine personnalisée qui offre des perspectives très intéressantes pour la connaissance et le traitement des maladies.
La bioinformatique
La bioinformatique se trouve à l’interface entre la biologie moléculaire, l’informatique, les mathématiques et la physique. L’utilisation clinique des résultats produits par la bioinformatique est à l’origine du secteur de la bioinformatique clinique, spécialisée dans le stockage, l’organisation, l’analyse et l’interprétation des données moléculaires liées à la santé de l’individu.
Les chercheurs et médecins se servent de plus en plus de la bioinformatique pour stocker, traiter et analyser de grandes quantités de données afin de mieux comprendre les processus biologiques.
Les médecins ont désormais accès à des données très spécifiques à leurs patients :
- séquence génomique,
- profil protéomique
- profil métabolique.
A ces informations s’ajoutent des informations fournies par le patient lui-même à propos de son mode de vie, ses habitudes alimentaires, ses signes vitaux.
Ces nouvelles connaissances permettent de constituer un dossier de plus en plus détaillé et personnel pour chaque patient, qui permet de mieux diagnostiquer les maladies et proposer des traitements médicaux plus adaptés à tout un chacun donc plus efficaces.
C’est ainsi que la bioinformatique conduit dans le domaine de la santé à la médecine personnalisée.
La médecine personnalisée, sur-mesure, implique une approche multidisciplinaire dans laquelle patients, médecins et chercheurs parviennent ensemble à une meilleure compréhension de la santé à l’échelle individuelle.
L’Institut suisse de bioinformatique
En Suisse, le SIB, Institut suisse de bioinformatique, est une fondation académique d’utilité publique et sans but lucratif qui fédère les activités dans le domaine de la bioinformatique : il accueille depuis 2013 un groupe de bioinformatique clinique.
Le SIB fournit des bases de données, des logiciels de pointe, des plateformes de services, des centres de compétence à la communauté suisse et internationale.
- le SIB a développé l’application « Oncobench« ® : plateforme de stockage et d’analyse de données qui permet d’optimiser le diagnostic en oncologie ( utilisé aux HUG).
Oncobench® est un système d’analyses et de stockage de données génomiques dans le domaine des tumeurs. Il a été conçu pour analyser en pratique clinique les données tumorales d’un total de 50 gènes pour des dizaines de patients à chaque séquençage et de recenser ainsi 500 millions de données ADN par patient.
Ce procédé d’analyses génomiques permet d’affiner et d’accélérer les diagnostics des cancers.
La plateforme Oncobench® est destinée à être partagée avec d’autres hôpitaux dans le cadre du déploiement national d’une bioinformatique clinique de haut niveau visant à encourager le développement de la médecine personnalisée,
- Autre exemple UniProtKB/Swiss-Prot, : source d’information sur les protéines la plus consultée au monde.
- Vital IT à Lausanne est un des centre de compétence du SIB : il a développé un algorithme qui permet de détecter, de manière non invasive, avant la naissance, d’éventuelles aberrations chromosomiques ( Prendia).
- Le SIB participe au développement de l’infrastructure bioinformatique pour la recherche en santé personnalisée dans le cadre de SPHN, Swiss personalized health network
Le Swiss Personalized Health Network (SPHN) est une initiative nationale dont l’objectif est de promouvoir la médecine et la santé personnalisées en Suisse. Le SPHN mettra sur pied l’infrastructure nécessaire à l’utilisation des quantités énormes de données de santé pour la recherche et l’innovation.
Le SIB propose également des formations dans le domaine de la bioinformatique
Découvrir la génétique en jouant grâce à l’application tout public : Genome Jumper
Genome Jumper : application pour découvrir vos gênes, pour explorer le génome humain et ses variations.
Ce jeu consiste à courir le long de certains de vos gênes et à collecter des variants afin de comprendre le rapport entre ces derniers et certaines de nos caractéristiques personnelles.
Vous pouvez lire également les articles suivants :
Sites internet conseillés :
- Swiss Personalized Health Network
- Sur le site des Médecins maîtres-toile : les révolutions biotechnologiques vont complètement révolutionner la médecine
- A quoi correspond la bioinformatique ?
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